У меня был Ubuntu 14.04 и пытался обновить до 14.10, и я получаю черный экран с мигающим курсором

Хорошее место, чтобы положить это, находится под /srv, как правило, что-то вроде /srv/wiki.example.com. Стандарт иерархии файловой системы Linux поддерживает это местоположение.

Другой вариант - это что-то вроде /home/wiki или /home/httpd.

Поставить его в /usr/bin не очень хорошая идея; который должен быть зарезервирован для программ, установленных Ubuntu.

/usr/local/bin - лучшее место для размещения символической ссылки на программу.