Вы также можете использовать NTFS, это более разумное решение для внешнего диска в большинстве случаев. Но Windows 7 должна иметь возможность правильно читать разделы FAT, обычно USB-палки просто формируются в FAT. Странно, что вы видите эту проблему.
Это руководство по загрузке и установке oracle java в linux
Если вы хотите найти что-то в файловой системе, используйте команду find.
sudo find / -name java