У меня была эта проблема в Ubuntu 14.04 и нашел решение здесь. По-видимому, Ubuntu не может сразу настроить клавиатуру после входа в систему, но немного позже. Поэтому, если вы добавите команду
sleep 4 && xmodmap ~/.Xmodmap &
в ~/.bash_profile, тогда она должна работать (это для меня).
EDIT: похоже, это работает только после входа в систему, а не после запуска. Мне придется исследовать это позже.