Существует версия командной строки ручного тормоза, которая должна работать на вашем сервере. Ниже приведены инструкции по установке из PPA и конвертации файлов с помощью командной строки.
$ sudo apt-get install python-software-properties
$ sudo add-apt-repository ppa:stebbins/handbrake-snapshots
$ sudo apt-get update
$ sudo apt-get install handbrake-cli
$ HandBrakeCLI --preset "iPhone & iPod Touch" -i input.xxx -o output.mp4