Отключение автоматического забытого запуска приложения при выходе из него в Startup Applications не приводит к тому, что gnome-session забывает «запоминаемые» приложения. Для этого удалите все файлы в ~/.config/gnome-session/saved-session:
rm ~/.config/gnome-session/saved-session/*
Можно предварительно загрузить библиотеки, используя переменную среды LD_PRELOAD. Просто укажите полный путь к таким файлам:
export LD_PRELOAD = "/path/to/so1.so /path/to/so2.so"