С менеджером буфера обмена вы можете получить такие вещи, как удаление истории и форматирование. Некоторые диспетчеры буферов даже позволяют вставлять файлы по сети.
Что касается различий между поведением клишеров между окнами и ubuntu, единственное, что приходит в голову, это то, что у вас есть два буфера обмена: ваша обычная копия + вставка и выделение + средний щелчок.