Чтобы постоянно изменять поведение:
выполнить dconf-editor выбрать org.gnome.desktop.input-sources Измените xkb-options на ['ctrl:nocaps'] (или добавьте его в любые существующие параметры)или в в командной строке (предупреждение - это перезаписывает существующие настройки!):
gsettings set org.gnome.desktop.input-sources xkb-options "['ctrl:nocaps']"