Вы пробовали gparted как пользователь root (sudo)? Я использую этот инструмент ежедневно для всех типов накопителей, но я - дискета. У меня нет.
sudo apt-get update && sudo apt-get install gparted
sudo gparted
Посмотрите в верхнем правом углу, чтобы найти свой диск. Если Linux смонтирует его, Gparted должен иметь возможность форматировать его!