Как другой метод запуска pylint на обоих Python 2 и 3, обратите внимание, что вы можете использовать переключатель -m Python для запуска модуля, установленного в системе в текущей версии Python, поэтому вы можете сделать
[ f1], чтобы явно выбрать, какой из них вы хотите. Вы можете сделать их в псевдонимы или сценарии оболочки, если хотите.