Вы могли бы использовать систему аудита для этого. Это немного тяжеловес, но что-то вроде этого должно работать (в /etc/audit/audit.rules):
# delete all other rules
-D
# watch the file in question
-w /path/to/file -p rwxa
, а затем, я думаю, вам нужно перезапустить auditd:
sudo service audit restart
(Если у вас его нет, он находится в пакете auditd.) В этом случае виновник может быть найден в /var/log/audit/audit.log.