Это резервные файлы, gedit создает их для каждого отредактированного файла. Nautilus скрывает файлы .starting_with_dot или end_with_tilda.txt ~, если вы не сообщите ему показать скрытые файлы (ctrl-h или в меню).
Если вы устанавливаете это в VirtualBox, тогда вы можете стереть диск, так как это виртуальный диск только в VirtualBox.