Возможным решением может быть использование tsocks - приложения, которое может перенаправить сетевой трафик через прокси-сервер socks. Установите пакет tsocks, измените /etc/tsocks.conf, чтобы установить адрес и номер порта вашего прокси-сервера socks и выполните:
$ sudo -s
# tsocks apt-get update
# tsocks apt-get dist-upgrade
# exit
$
или
$ sudo -s
# . tsocks -on
# apt-get update
# apt-get dist-upgrade
# . tsocks -off # not really necessary, given the exit
# exit
$
Вы можете думать о количество вариантов, чтобы упростить и автоматизировать его использование. Не забывайте о ведущей точке, Manpage имеет больше ссылок на это.
Изменить: более короткий способ ее использования:
$ sudo tsocks apt-get update
$ sudo tsocks apt-get dist-upgrade