Вы можете удалить ^ M из файлов непосредственно с помощью команды sed, например :
sed -i'.bak' s/\r//g *.*
Если вы довольны изменениями, удалите файлы .bak:
rm -v *.bak
Это может быть поврежденный список файлов apt. Это поможет исправить это ...
sudo tar cvfz /tmp/backup.lists.tar.gz /var/lib/apt/lists*
sudo rm -frv /var/lib/apt/lists
sudo mkdir -pv /var/lib/lists/partial
sudo apt-get update
sudo apt-key update
1st делает резервную копию текущих файлов на всякий случай.
Разум: я не нашел способ решить, ЕСЛИ он является коррумпированным списком файлов, кроме того, что он делает выше. Резервное копирование не требуется кстати, добавлено мной.