Чтобы создать пакет после сборки, см. «Упаковка» на странице http://pypy.org/download.html:
cd ./pypy/pypy/tool/release/
python package.py ../../.. pypy-my-own-package-name
Ошибка fglrx теперь решена.
Раньше мне приходилось загружать свою резервную установку, чтобы отключить fglrx, а вместо этого использовать открытый драйвер, что происходит медленно. Возможно, Grub перешел на загрузку с той же установкой, но с использованием предыдущего ядра работает для тех, кто застрял.
Так как я обновил Ubuntu через Update Manager, а также обновил пакет fglrx-core через Synaptics Packager Manager (не уверен это необходимо). Затем я переключил графический драйвер обратно на fglrx-update и перезагрузился.