Почему гном-суши используют столько памяти?

Стоит увеличить ваш раздел /, если вы можете ... но когда это невозможно, или если вы хотите отложить его на некоторое время, возможно обходное решение. На нескольких моих машинах я обычно монтирую /var/cache/apt в папку на другом разделе для использования во время обновления.

например, если /home - это другой раздел

sudo mkdir /home/cache
sudo cp -a /var/cache/apt /home/cache/apt
sudo mount -o bind /home/cache/apt /var/cache/apt

После этого обычно работает dist-upgrade.