Я зарегистрировал исправление для Eclipse 4.x и 3.x здесь.
Это решение для glx-dock aka Cairo-dock, но работает для всех панелей задач, основанных на WM_CLASS.
В случае eclipse запуск также является двухэтапным процессом.
В принципе, вам нужно указать, что Eclipse branding plugin.xml применим к вашей версии Eclipse и модифицирует свойство application name. Когда создаются главные окна Workbench, Jface вызовет SWT Display.setName, и это установит вам WM_CLASS. Если это объявленный WM_CLASS для вашей пусковой установки, то запущенные экземпляры найдут свою док-станцию.
Не забудьте сделать eclipse -clean в первый раз.
Вкладка также значительно улучшилось.