Создайте две группы: site1grp и site2grp
sudo groupadd site1grp && sudo groupadd site2grp
Добавьте www-data в обе группы.
sudo adduser www-data site1grp && sudo adduser www-data site2grp
Добавьте user1 и user2 в соответствующие группы
sudo adduser user1 site1grp && sudo adduser user2 site2grp
Измените разрешение папок вашего сайта, чтобы владелец пользователя был www-данными, а владелец группы - это соответствующая группа
sudo chown -R www-data:site1grp /var/www/site1 && sudo chown -R www-data:site2grp /var/www/site2
Теперь www-data имеет прав пользователей и групп на обоих сайтах, и каждый пользователь имеет групповые разрешения для своего сайта.