Непосредственная причина вопроса заключается в том, что разрешение по умолчанию ls -l по умолчанию установлено за считанные минуты, поэтому запись в файловой системе, затронутая в ту же минуту, будет отображаться точно так же на выходе по умолчанию ls -l.
Решение этого описано в https://superuser.com/questions/355318/how-to-have-linux-ls-command-show-second-in-time-stamp и в основном включает в себя запуск [ f3].