У меня была такая же проблема несколько дней назад с 4.4.0-57. modprobe nls_iso8859-1 выдает ошибку и без этого модуля появляется сообщение «IO charset not found».
Оказывается, корневая файловая система повреждена. После тщательного fsck и переустановки ядра (принудительно с apt-get install --reinstall), этот модуль загружается снова, и я могу установить свои USB-накопители.
@larskholte Даже если обновление до 4.4.0-57 исправлено ваша проблема, заменив плохой модуль, обязательно загрузите файловые системы! Этот модуль, не загружаемый, является лишь симптомом гораздо более серьезной проблемы.