Я предпочитаю сначала конвертировать PDF-файлы в HTML, используя pdftohtml, включенный в пакет poppler-utils, например, с помощью скрипта Nautilus, состоящего только из этой команды:
pdftohtml -noframes -q -p -c "$1" "${1%\.pdf}-img.html"
Затем я открываю результат Файл PDF в LibreOffice Writer и (после небольшого редактирования) HTML любой другой формат документа, который мне нравится.
Примечание. Добавление параметра -i в команда выше создает HTML-файл без изображений.
Если вы хотите сохранить только Windows, вы можете сделать что-то подобное с EasyBCD, обновляя загрузочную информацию. Ниже приведена ссылка для настройки двойной загрузки с Windows и Ubuntu:
https://neosmart.net/wiki/easybcd/dual-boot/linux/ubuntu/