Как правило, вам не нужно иметь отдельные установки Eclipse для разных сред. Перспективная концепция заключается в том, чтобы переключиться с разных задач, и вы можете легко загрузить различные плагины.
Попробуйте добавить pci=nomsi к параметрам ядра при загрузке. Это будет в меню grub или extlinux.
Вы можете протестировать его в то же время, когда вы выбираете между ядрами, используя manuall, добавляя его в стартовую строку.