Используйте команду «sleep».
В System -> Preferences -> Startup Applications, отредактируйте команду для программ, для которых вы хотите задержать:
sleep 10 && COMMAND
Заменить 10 с количеством секунд, в которое вы хотите, чтобы он подождал, и COMMAND с тем, что было в командной строке изначально.