Я подозреваю, что вы можете отредактировать файл /usr/share/applications/skype.desktop Сначала сделайте резервную копию. Вероятно, вам нужно отредактировать строку, которая читает Exec = skype, чтобы включить нужные изменения.
[Edit] Просто попробовал это для себя, а синтаксис файлов .desktop не позволяет использовать / usr / share / applications / skype.desktop подписывают команду Exec, поэтому вам может понадобиться создать сценарий оболочки с вашей командой и указать строку Exec на этом.
Вот какой-то фон о файлах .desktop: http://standards.freedesktop.org/desktop-entry-spec/latest/ar01s06.html