К сожалению, официальный пакет Ubuntu для MongoDB по-прежнему застрял на 2.6, который является древним на данный момент (эта ошибка не подхвачена для ярких, хитрых или xenial).
MongoDB еще не выпустил пакет для 16.04 (Xenial), поэтому как я могу использовать пакеты 14.04 (Trusty) для установки MongoDB 3.2+ на 16.04?
Если вы уже установили его, удалите mongodb:
sudo apt-get remove mongodb
sudo apt-get autoremove
Попробуйте с рекомендацией на digitalocean https://www.digitalocean.com/community/tutorials/how-to-install-mongodb -он-убунту-16-04