Согласно их сайту https://www.dropbox.com/help/12/en, вы не можете синхронизировать папки за пределами папки Dropbox, но в Ubuntu
есть обходное решение. Чтобы получить другие папок, синхронизированных в Dropbox, вы должны создать symbolic link из целевой папки в папку Dropbox
Например:
ln -sfn ~/Documents ~/Dropbox