Я предлагаю также отключить /apps/metacity/general/auto_raise.
Фокус все равно будет идти в «другое» окно, но порядок укладки окон остается тем же, что упрощает переориентацию ( новое) полностью открытое верхнее окно (конечно, переместите курсор над ним).
В процессе миграции не возникало проблем. Просто пришлось перенести записи пользователя в эти файлы. Шифрование паролей было другим, но ubuntu учитывает это при проверке пароля