Я клонировал новую копию kali2, сделал apt-get update. apt-get dist-upgrade (установлен отлично). Пробовал с и без установки dkms. (dkms устанавливается на хост (ubuntu) до обновления виртуального бокса). Затем я пытаюсь выполнить две команды, которые не выполняются из-за отсутствия заголовков.
http://pastebin.com/WgHNGyNH
Я смог установить гостевые дополнения до обновления до новой версии VBox.
Я успешно установил гостевые дополнения на Ubuntu 16.04 поверх VirtualBox 5.0.20, просто вставив гостевые дополнения cd из меню device виртуальной машины.