Если eclipse установлен из программного центра (версия 3.5.2), копии значка eclipse помещаются в следующие места:
/usr/share/icons/hicolor/16x16/apps/eclipse.png /usr/share/icons/hicolor/32x32/apps/eclipse.png /usr/share/icons/hicolor/48x48/apps/eclipse.png /usr/share/pixmaps/eclipse.pngВозможно копирование значка в этих местах (с правильным размером) решает вашу проблему.
похоже, что вам не хватает libgtk2.0-0: amd64 package
sudo apt-get install libgtk2.0-0:amd64
Я проверил это, найдя файл в моей системе и запустив
dpkg -S /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgdk-x11-2.0.so.0
my что у вас будет больше недостающих библиотек, потому что некоторая часть установки не работает правильно. Возможно, стоит выполнить эти команды, чтобы убедиться, что у вас есть все необходимые вам пакеты.
sudo apt-get update
sudo apt-get dist upgrade
Edit:
похоже, что у вас может быть поврежденная версия этого файла, которую вы могли бы попробовать переустановка этого пакета
sudo apt-get purge libgtk2.0-0:amd64
sudo apt-get install libgtk2.0-0:amd64