Прежде всего я предполагаю, что вы не установили заголовки. Вам необходимо установить соответствующий пакет заголовков linux. Скорее всего, вам нужно установить linux-headers-generic. Однако, если вы используете некоторое ядро, отличное от linux-generic, установите пакет linux-headers для этого ядра.
Если вы уже установили заголовки, они должны быть в /usr/src.