setxkbmap -option ctrl:swapcaps будет заменять только Control и CapsLock. Если вы хотите, чтобы оба ключа имитировали ctrl, тогда gnome-tweak-tool -> «Ввод» -> «Caps Lock as Ctrl». Теперь оба ключа работают как ctrl.
В формате SanDisk формат полки Fat32 (vfat) нечувствителен к регистру. Есть несколько приятных графических интерфейсов для переделки вашего диска, я предпочитаю «gnome-диски», если они доступны для lubuntu, или gparted, как указано выше.