Еще одна причина для этого - несколько экземпляров экземпляров vncconfig, конфликтующих друг с другом. В моем случае у меня была настраиваемая настройка vncserver, но vncconfig начался как часть системной загрузки, конфликтующей с пользовательской установкой vncconfig.
Чтобы устранить эту проблему, уничтожьте ненужные экземпляры vncconfig.
To получить список текущих экземпляров vncconfig:
ps -ef | grep vncconfig
Чтобы убить:
kill -9 <process_id>
Я использую Nemo вместо Nautilus в качестве моего файлового менеджера на стандартном Ubuntu. Значки рабочего стола работают, как ожидалось.
To prevent Nautilus from handling the desktop icons (and use Nemo instead), gsettings set org.gnome.desktop.background show-desktop-icons false
Set Nemo as the default file manager (replacing Nautilus) xdg-mime default nemo.desktop inode/directory application/x-gnome-saved-search
Проверено с помощью Nemo 2.8.7 на Ubuntu 14.04 LTS