«Okular больше не имеет меню (файл, настройки и т. д.), если я не максимизирую его окно.»
Да. Меню находится в панели вверху экрана только что спрятано, пока вы не нажмете на нее мышь. (Глупый я знаю, но это то, как куки рушится).