У меня была такая же проблема, и я запускаю Ubuntu 14 на локальной настройке Vagrant. Я удалил каталог /etc/apache2/sites-enabled и добавил ссылку на мой домашний каталог, который, конечно, монтируется на мой локальный диск в соответствии с конфигурациями Vagrant.
Оказывается, apache не видел каталог, потому что ресурс был еще не установлен. Я переписал свое положение о Vagrant, чтобы просто скопировать каталог sites-enabled вместо добавления символической ссылки.
Я также сделал sudo update-rc.d apache2 enable, как было предложено Karl Wilbur, чтобы убедиться, что init был включен.