Чтобы изменить разрешение файла, попробуйте его в командной строке. gksu nautilus позволяет вам открывать nautilus, используя права суперпользователя.
Изменение разрешения файла через терминал,
sudo chmod +x /path/filename
Выше команда даст разрешение на выполнение этого файла. См. здесь о разрешении файла.