Как заменить определенный пакет, который должен быть установлен с помощью apt

Да, поэтому можно использовать iptables для маркировки упакованного на основе процесса (-pid-owner), а затем использовать tc для ограничения полосы пропускания.

Попробуйте, например, прочитать эту ссылку и посмотреть HTTP-исходящий формирование трафика: просто представьте себе то же самое, но сделайте правило метки iptables применимым к PID вместо порта 80!