Я не знаком с SkyDrive. Это, по-видимому, служба Windows. Если это так, возможно, вы не можете запустить его в Ubuntu. Например, если DropBox вы можете указать папку, которую вы хотите синхронизировать с облаком. Если ваша папка Windows доступна в Ubuntu, вы можете указать ее для синхронизации. Затем вы не будете дублировать свои файлы локально.