Это случилось со мной. Я думаю, что это может быть вызвано запуском
sudo graphic_application
вместо
gksudo graphic_application
для некоторого (неизвестного) приложения. На странице справки sudo есть абзац о том, что ... прокрутите вниз до «Графическое sudo».
См. Также sudo help page