apt-get и APT будут использовать любой протокол, в который входят источники. Ему все равно, как они перевозятся. Это могут быть HTTP, HTTPS, RSYNC, FTP, BitTorrent и т. Д. Большинство из них основаны на TCP, некоторые - UDP. Это зависит от протокола, который вы используете.