Позвольте мне предложить другой подход.
Кажется, что вашей встроенной системе вообще может не понадобиться рабочий стол. Вместо того, чтобы устанавливать рабочую версию Ubuntu для удаления всех нежелательных компонентов, я бы пошел другим путем и установил версию сервера Ubuntu, чтобы добавить все, что мне нужно для запуска моего приложения. Таким образом, мы сможем контролировать все процессы, которые могут взаимодействовать с вашим приложением, и мы сможем контролировать ресурсы, которые должны быть оставлены для нашего приложения.
Это также может не сильно повлиять на то, что процессы среды рабочего стола неактивны в фоновом режиме. Представьте, что наш процесс начинается с загрузки до того, как пользователь войдет в систему. Тогда среда рабочего стола даже не работает, поэтому не используется никаких ресурсов. Это может быть сделано с любым производным Ubuntu, тогда различия будут больше в том, какое приложение установлено.
В любом случае мы можем хорошо настроить процесс, чтобы придать нашему приложению высокий приоритет.