Как я могу безопасно удалить (отключить) внешний жесткий диск с рабочего стола?

Ну, ты просто не можешь. Сервер μtorrent - это просто ... сервер. Отсутствует клиент / пользовательский интерфейс вне WebUI. Вам нужно будет переместить торренты в каталог, чтобы автоматически добавлять их в очередь, иначе я сомневаюсь, что вы можете сделать что-нибудь полезное.

Если вы не хотите, чтобы я рекомендовал вам использовать других клиентов.