Пакет php5-mcrypt Ubuntu устанавливает конфигурационный файл mcrypt.ini в /etc/php5/conf.d/, который является старым макетом директории PHP.
. Текущий способ работы с модулями в PHP5 - это поставить ini в каталоге /etc/php5/mods-available. Затем, чтобы включить модуль в PHP5, вам необходимо создать символическую ссылку на связанные ini-файлы из каталога /etc/php5/apache2/conf.d, чтобы включить модуль, когда PHP используется в Apache или / и из /etc/php5/cli/conf.d, если вы хотите иметь этот модуль если вы используете PHP за пределами Apache, в сценариях, запущенных в командной строке или из crontab.
Также обратите внимание, что в каталоге conf.d вы можете создать ссылку на ini-файл, поставив число в перед ним, чтобы модули загружались в определенном порядке. Полезно, когда вам нужно загрузить модуль в зависимости от другого.
Конечно, не забудьте перезапустить Apache, если вы включили модуль для Apache:
sudo service apache2 restart