установите Ubuntu 12.04.2, снимите флажок загрузки обновления во время установки и не обновляйтесь после установки. затем плагин Annotation compiz работает в полноэкранном режиме.
Сейчас я пытаюсь использовать Ubuntu 14.04.1, а Annotation работает в полноэкранном режиме VLC (отметки над запущенным видео), но не работает с просмотр изображения (переключается на F11) и VirtualBox (vm в полноэкранном режиме)
Я немного копаю, эта проблема начинается с Ubuntu 12.04.3. ранние версии не содержат этой ошибки.