Попробуйте запустить:
sudo update-grub
, чтобы узнать, берет ли он раздел Windows и добавляет его в меню загрузки.
Если все обычные системные папки присутствуют в разделе Windows (Windows, System32 и т. д.), тогда он должен быть восстановлен, если grub подберет его и укажет на раздел.