Недавно у меня возникла такая же проблема. Я дважды загружаю Windows 7 и Ubuntu 14.04. Проблема, похоже, началась после обновления Windows, установленного новым драйвером Realtek HD Audio.
Мягкая перезагрузка с Windows на Linux приводит к звуку, состоящему исключительно из звуков поп-музыки и треска. Полностью непригодна. В то время как в этом состоянии разъем для наушников на передней панели моего корпуса все еще работал нормально. Было затронуто только заднее аудио.
Если я завершаю работу, а затем холодную загрузку в Linux, тогда звук отлично работает в Linux.