Обновление RDkit
Ubuntu 16.04 не поддерживает устаревшие драйверы Catalyst. Версия сервера X выше.
AMD отказалась от поддержки Catalyst. Вам лучше использовать драйвер Radeon с открытым исходным кодом.
6 ответов
Чтобы обновить RDKit, вам придется скомпилировать его из источника.
Это говорит о том, что я взял исходный код rdkit от Ubuntu Bionic (в разработке, но это последний из Debian) и передал его в PPA to Trusty и Xenial.
Вы можете сделать следующее, чтобы установить обновленную версию python-rdkit (я все еще работаю над адаптацией этого пакета для работы с последним RDKit, но я не могу гарантировать Я буду предоставлять текущие обновления):
sudo apt-get remove python-rdkit
sudo apt-get autoremove
sudo add-apt-repository ppa:teward/python-rdkit
sudo apt-get update
sudo apt-get install python-rdkit
Хотя это также очистит другие устаревшие пакеты и т. Д., Тогда необходимо установить более новую версию RDkit (с марта 2016 г.).
4] (я все еще работаю, чтобы увидеть, есть ли еще один пакет RDKit, хотя ...)-
1Обратите внимание, что я проверил эти шаги в чистой среде. Это устанавливает версию март 2016 года - самую последнюю доступную в Debian. – Thomas Ward♦ 1 March 2018 в 19:19
Чтобы обновить RDKit, вам придется скомпилировать его из источника.
Это говорит о том, что я взял исходный код rdkit от Ubuntu Bionic (в разработке, но это последний из Debian) и передал его в PPA to Trusty и Xenial.
Вы можете сделать следующее, чтобы установить обновленную версию python-rdkit (я все еще работаю над адаптацией этого пакета для работы с последним RDKit, но я не могу гарантировать Я буду предоставлять текущие обновления):
sudo apt-get remove python-rdkit
sudo apt-get autoremove
sudo add-apt-repository ppa:teward/python-rdkit
sudo apt-get update
sudo apt-get install python-rdkit
Хотя это также очистит другие устаревшие пакеты и т. Д., Тогда необходимо установить более новую версию RDkit (с марта 2016 г.).
(я все еще работаю, чтобы увидеть, есть ли еще один пакет RDKit, хотя ...)
Чтобы обновить RDKit, вам придется скомпилировать его из источника.
Это говорит о том, что я взял исходный код rdkit от Ubuntu Bionic (в разработке, но это последний из Debian) и передал его в PPA to Trusty и Xenial.
Вы можете сделать следующее, чтобы установить обновленную версию python-rdkit (я все еще работаю над адаптацией этого пакета для работы с последним RDKit, но я не могу гарантировать Я буду предоставлять текущие обновления):
sudo apt-get remove python-rdkit
sudo apt-get autoremove
sudo add-apt-repository ppa:teward/python-rdkit
sudo apt-get update
sudo apt-get install python-rdkit
Хотя это также очистит другие устаревшие пакеты и т. Д., Тогда необходимо установить более новую версию RDkit (с марта 2016 г.).
(я все еще работаю, чтобы увидеть, есть ли еще один пакет RDKit, хотя ...)
Если я ищу rdkit с
apt search rdkit
, я получаю «python-rdkit / xenial 201503-3 amd64» в качестве одной из записей. Номер версии говорит 201503-3.
Я просто попытался установить его, как вы, выполнив
sudo apt install python-rdkit
Когда я импортирую и проверяю версию:
>>> rdkit.rdBase.rdkitVersion
'2015.03.1'
Это более поздняя версия, чем ваша, по крайней мере, возможно, попробуйте переустановить?
Также обратите внимание, что это для python 2.7.12
-
1
-
2Я получил python-rdkit / trusty, теперь 201309-1 amd64 [установлен], когда я запускал ваш код. Когда я запускал sudo apt install python-rdkit, не было никакой разницы относительно версии. – user1945827 27 February 2018 в 23:18
-
3@ user1945827 Обратите внимание, что ответ здесь был для Xenial, а не для Trusty. Вы находитесь в Trusty, поэтому вам нужно установить через pip / PyPI, а не в репозитории. См. Мой ответ. – Thomas Ward♦ 27 February 2018 в 23:18
-
4@ThomasWard, когда я ищу через pip, получаю версию 2009: «rdkit (2009.Q1b1)», поэтому я не уверен, что это ответ. – user3430996 27 February 2018 в 23:54
-
5@ mrfred489 Я вижу тот же поиск. Но, когда я смотрю на PyPI, для него нет версий, загруженных в PyPI. (И я проверил сайт rdkit, это нетривиально для его создания, поскольку часть python - это просто оболочка python вокруг библиотек C, которые на самом деле rdkit) – Thomas Ward♦ 27 February 2018 в 23:58
Если я ищу rdkit с
apt search rdkit
, я получаю «python-rdkit / xenial 201503-3 amd64» в качестве одной из записей. Номер версии говорит 201503-3.
Я просто попытался установить его, как вы, выполнив
sudo apt install python-rdkit
Когда я импортирую и проверяю версию:
>>> rdkit.rdBase.rdkitVersion
'2015.03.1'
Это более поздняя версия, чем ваша, по крайней мере, возможно, попробуйте переустановить?
Также обратите внимание, что это для python 2.7.12
Если я ищу rdkit с
apt search rdkit
, я получаю «python-rdkit / xenial 201503-3 amd64» в качестве одной из записей. Номер версии говорит 201503-3.
Я просто попытался установить его, как вы, выполнив
sudo apt install python-rdkit
Когда я импортирую и проверяю версию:
>>> rdkit.rdBase.rdkitVersion
'2015.03.1'
Это более поздняя версия, чем ваша, по крайней мере, возможно, попробуйте переустановить?
Также обратите внимание, что это для python 2.7.12
-
1
-
2Я получил python-rdkit / trusty, теперь 201309-1 amd64 [установлен], когда я запускал ваш код. Когда я запускал sudo apt install python-rdkit, не было никакой разницы относительно версии. – user1945827 27 February 2018 в 23:18
-
3@ user1945827 Обратите внимание, что ответ здесь был для Xenial, а не для Trusty. Вы находитесь в Trusty, поэтому вам нужно установить через pip / PyPI, а не в репозитории. См. Мой ответ. – Thomas Ward♦ 27 February 2018 в 23:18
-
4@ThomasWard, когда я ищу через pip, получаю версию 2009: «rdkit (2009.Q1b1)», поэтому я не уверен, что это ответ. – user3430996 27 February 2018 в 23:54
-
5@ mrfred489 Я вижу тот же поиск. Но, когда я смотрю на PyPI, для него нет версий, загруженных в PyPI. (И я проверил сайт rdkit, это нетривиально для его создания, поскольку часть python - это просто оболочка python вокруг библиотек C, которые на самом деле rdkit) – Thomas Ward♦ 27 February 2018 в 23:58