Да, программное обеспечение и документы, которые указаны, являются установками вашей установки Ubuntu, а не вашей Windows.
Тем не менее, всегда рекомендуется создавать резервные копии файлов и документов перед обновлением. Предпочтительно с программным обеспечением клонирования диска, чтобы вы могли вернуться назад, если вы не удовлетворены.