Команда не работает в crontab, но работает в терминале

По крайней мере для Ext2 (и Ext3, я думаю, хотя я не уверен), в формате / структуре на диске нет ничего, что могло бы предотвратить дефрагментацию.

Отсутствие необходимости в дефрагментации на уровне реализации, который будет варьироваться от ОС к ОС. То есть, в зависимости от реализации, файл в Ext2 может быть или не быть фрагментирован.

Если фрагментация исключена, это, вероятно, связано с задержкой выделения физических блоков. То есть на каком-то уровне реализации файловая система будет кэшировать данные (и получать доступ к ним через номер логического блока) до тех пор, пока она не будет записана / зафиксирована на диске. Когда данные окончательно записываются на диск, должны быть выделены физические блоки. Алгоритм распределения может (или не может) выделять несколько смежных доступных физических блоков для данных.

Надеюсь, что это поможет.