Пользовательская команда должна быть доступна в одной строке без скрипта.
Следующая пользовательская команда запускает Photoshop с помощью вина:
wine "c:\\program files\\adobe\\adobe photoshop cs2\\photoshop.exe" \"z:%f\"
Ключевая часть - последняя part \"z:%f\
%f передает выбранное имя файла. Префикс z: делает то же самое, что winepath -w для файла, который вы дважды щелкаете.