Здесь есть некоторые фантастические ответы, которые лучше, чем этот короткий, но что-то, что вы можете подумать, чтобы помочь вам лучше понять изменения, сделанные менеджером пакетов, - это Docker. Вы можете различать изменения, сделанные в контейнере, используя docker diff <container>, и он покажет вам все изменения. Это особенно полезно для просмотра под капотом, чтобы увидеть, что apt-get install делает для системы. Быстрый поиск даст вам несколько ресурсов, чтобы помочь реализовать это.