Выключил ли Ubuntu с overlayfs до aufs между 16.04.1 и 16.04.2?

В дополнение к ответу @ muru вы можете отключить опцию bash interactive_comments:

shopt -u interactive_comments

Теперь вы можете cd начать с каталога с # в обычном режиме:

$ cuonglm at /tmp
$ cd #asd
$ cuonglm at /tmp/#asd
$ pwd
/tmp/#asd